Tên thường gọi: Chùa Thiền Tôn

Chùa tọa lạc ở thôn Ngũ Tây, xã Thủy An, thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên – Huế. Chùa nằm bên sườn núi Thiên Thai nên còn có tên là Thiên Thai Thiền Tông Tự. ĐT: 054.836200. Chùa thuộc hệ phái Bắc tông.
Chùa do Thiền sư Liễu Quán khai sáng vào đầu thế kỷ XVIII. Thiền sư là đệ tử đắc pháp của Hòa thượng Minh Hoằng – Tử Dung, được Hòa thượng trao tâm ấn năm 1712. Bấy giờ, chùa đã trở thành một đạo tràng lớn, có hàng vạn đệ tử học đạo, nghe pháp. Trong ba năm 1733, 1734 và 1735, Thiền sư đã mở ba Đại giới đàn truyền giới cho hàng vạn người tại chùa. Năm 1740, Thiền sư mở đại giới đàn Long Hoa ở kinh thành; năm 1742 mở Đại giới đàn tại chùa Viên Thông, nơi ngài khai sơn trước chùa Thiền Tôn. Thiền sư viên tịch năm Nhâm Tuất (1742), tháp dựng ở một triền núi phía Đông Nam chùa.
Chùa được trùng tu năm 1746 do ngài trụ trì Tế Hiệp – Hải Điện khởi công. Chưởng Thái giám Mai Văn Hoan pháp danh Tế Ý đứng ra vận động xây dựng ngôi chùa khang trang. Năm 1751, chùa được cấp tự điền; năm 1772, chùa được duyệt cấp bằng khoán tự điền. Các vị trụ trì kế tiếp là Tế Mẫn – Tổ Huấn, Đại Huệ – Chiếu Nhiên đều có trùng tu ngôi tổ đình. Chùa tiếp tục được trùng tu vào năm 1793 và năm 1799. Năm 1803, ngài Đạo Tâm – Trung Hậu trụ trì đã tổ chức trùng kiến. Bà Lê Thị Tạ pháp danh Tiên Quý đã có công quả lớn trong lần trùng tu này. Chùa được làm sườn gỗ lợp ngói, sinh hoạt Phật sự được phục hưng và phát triển. Chùa được trùng tu tiếp vào các năm 1807 – 1809 do hai vị công chúa trong triều phát tâm và năm 1899 do Hòa thượng trụ trì Tâm Thiền tổ chức.
Năm 1940, chùa bị hư hỏng nặng, Hòa thượng Thích Giác Nhiên đã tổ chức đại trùng tu ngôi chùa. Từ năm 1973 đến khi viên tịch (1979), Hòa thượng đảm nhận chức vụ Tăng thống Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống Nhất. Ngài kế thừa đời thứ 42 dòng thiền Lâm Tế, đời thứ 8 pháp phái Liễu Quán.
Ngày 23 – 02 – 2000, Hòa thượng trụ trì Thích Thiện Siêu, Phó Chủ tịch Thường trực Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, đã cho khởi công đại trùng tu ngôi chùa với kinh phí khoảng 2 tỷ đồng, được khánh thành vào ngày 09 – 3 – 2001 (15 – 2 năm Tân Tỵ). Hòa thượng viên tịch tại chùa Từ Đàm ngày 03 – 10 – 2001 (17 – 8 năm Tân Tỵ), trụ thế 81 tuổi đời, 53 tuổi đạo.
Tổ đình Thiền Tôn là ngôi thiền tự lớn ở Huế xưa nay.